Зертхана қызметінің негізгі бағыттары:

• Алтай аумағындағы қазақ халқының құрылу тарихын зерттеу, санының өсуі, орналасуы, құрамы(жыныстық-жастық құрылымы, айналасатын іс-әрекеттері, білім деңгейлері);
• Алтай аумағындағы славян және басқа ұлттардың құрылу тарихын зерттеу, санының өсуі, орналасуы, құрамы (жыныстық-жастық құрылымы, айналасатын іс-әрекеттері, білім деңгейлері);
• Көрсетілген мәселелер  бойынша тақырыптық ғылыми конференцияларды және ғылыми-әдістемелік семинарларды өткізу;
• Ұлттық Ғылым Академиясының тарих және этнология  Институтымен, Л.Н. Гумилев атындағы Евразиялық Ұлттық университетімен, Алтай мемлекеттік университеті (Ресей), Алтай Республикасының  мемлекеттік университеті, Синь-Цзянь ұйғыр автономды аймақ, (ҚХР), Баян-Өлгей және Ховдов аймақтарының (Моңғолия)  оқу орындарымен  ғылыми байланыстарды дамыту және нығайту.