Бухгалтерия университета является самостоятельным структурным подразделением университета и подчиняется непосредственно ректору. 

Бухгалтерия руководствуется следующими нормативными документами:

• Конституцией Республики Казахстан;
• Законом Республики Казахстан «Об образовании»;
• Трудовым Кодексом Республики Казахстан;
• Кодексом Республики Казахстан «О налогах и других обязательных платежах в бюджет» (налоговый кодекс), принятым Законом Республики Казахстан от 10 декабря 2008 года № 99-IV ЗРК;
• Законом Республики Казахстан «О бухгалтерском учете и финансовой отчетности» от 28 февраля 2007года №234-III (с изменениями и дополнениями);
• Законом Республики Казахстан «О государственном имуществе» от 1 марта 2011 года №413-IV ЗРК ( с изменениями и дополнениями);
• Законом Республики Казахстан «О государственных закупках» от 04 декабря 2015года № 434-V ЗРК (с изменениями и дополнениями); 
• Уставом Университета;
• Международными стандартами финансовой отчетности (МСФО);
• методическими рекомендациями к МСФО;
• Учетной политикой университета;
• указаниями, инструкциями, приказами по организации бухгалтерского учета, финансам, налогам, государственным закупкам;
• приказами и инструктивными материалами Уполномоченного органа;
• приказами и распоряжениями ректора;
• другими нормативными документами.