Цели создания Университета ШОС определены в рамках ШОС многосторонними нормативно-правовыми актами, принятыми государствами-членами ШОС, и состоят в:

• укреплении взаимного доверия и добрососедских отношений между странами-участницами ШОС;
• развитии интеграционных процессов в области образования, науки и технологий;
• придании нового импульса к расширению многостороннего образовательного, научного и культурного сотрудничества;
• расширении возможностей для молодежи получать качественное современное образование, а для педагогов и ученых – развивать научные контакты;
• содействии эффективному сотрудничеству стран-участниц Организации в политической, торгово-экономической, научно-технической и культурной областях.

Основные задачи Университета ШОС:

• расширение обмена учащимися, студентами, аспирантами, докторантами и научно-педагогическими работниками;
• увеличение научно-академического сотрудничества;
• внедрение современных образовательных методик и технологий;
• создание механизмов признания и эквивалентности документов об образовании Университета ШОС государствами-членами ШОС и мировым образовательным сообществом.

Дополнительные задачи:

• проведение экспертиз и выработка рекомендаций в конкретных областях сотрудничества ШОС;
• подготовка кадров для структур ШОС и афилированных с ней организаций;
• создание сети языковых (русский и китайский) и страноведческих курсов.

Взаимодействие между государствами-участниками в области создания и функционирования университета ШОС идет  на уровне образовательных ведомств стран с привлечением ими ведущих образовательных учреждений.

Основными языками обучения в рамках Университета ШОС будут государственный язык страны местонахождения и/или официальные языки ШОС - русский и китайский.

Университет ШОС должен стать своеобразным «зонтиком», под эгидой и при поддержке которого будет осуществляться образовательная и научная кооперация.

Модель Университета ШОС должна основываться на взаимодействии университетов государств-членов ШОС, являющихся базовыми (головными) вузами по соответствующим областям подготовки в своей стране.

Задача головных вузов заключается в поэтапном согласовании программ аспирантов, магистров и бакалавров, реализуемых в рамках образовательных стандартов своих стран, с целью создания единых учебных программ Университета ШОС по соответствующим областям подготовки.

Система управления Университетом ШОС

• Координационный совет обеспечивает координацию деятельности Университета ШОС на уровне соответствующих министерств и руководящих органов ШОС и вносит предложения по обеспечению нормативно-правовой деятельности Университета ШОС.
• Попечительский совет. Обеспечивает формирование положительного имиджа Университета ШОС в странах-участницах Организации и мировом образовательном сообществе, привлечение бизнес-структур для совместной подготовки специалистов и содействие в трудоустройстве выпускников. Способствует привлечению финансовых средств для развития Университета ШОС. Продвигает интересы Университета ШОС в различных государственных и негосударственных структурах, фондах и организациях.
• Ректорат Университета ШОС. Осуществляет управление текущей деятельностью Университета ШОС, в том числе информационно-аналитическое, юридическое и финансово-организационное обеспечение деятельности Университета ШОС, ведение текущих дел и документации.
• Экспертные группы по каждой области подготовки включают по одному представителю от каждого базового вуза по каждой области подготовки. Осуществляют поддержку учебно-методической и научно-исследовательской деятельности в конкретной области подготовки.

Схема обучения в Университете ШОС

Студент, обучающийся по программе Университета ШОС, должен иметь возможность с любого семестра продолжить свое образование в головном иностранном вузе, который реализует данную программу. При этом максимальный срок пребывания и количество иностранных вузов-партнеров не ограничивается. Студент обязан пройти обучение в иностранном вузе-партнере сроком не менее 1-го семестра.

По итогам обучения, студент получает диплом вуза, в котором начал обучение или проучился наибольший срок (не менее 60% времени) и на начальном этапе создания Университета ШОС – сертификат Университета ШОС, а в последствии - единый диплом Университета ШОС.

Прием в Университет ШОС осуществляется в соответствии с законодательством стран-участниц ШОС, локальными актами Базового вуза Университет ШОС. Базовый вуз Университета ШОС  самостоятельно разрабатывает и утверждает правила приема в части, не противоречащей законодательству страны нахождения Базового  вуза и порядку приема, устанавливаемому уполномоченным органом исполнительной власти страны-участницы ШОС.