Основной задачей Управления является создание условий для эффективного наращивания и использования научно-технического и инновационного потенциала Университета, его научных и научно-производственных подразделений для решения актуальных проблем развития науки, образования и производства Восточно-Казахстанского региона и страны в целом.

Решение задачи предполагает:

Создание и обеспечение функционирования системы стимулирования фундаментальных и прикладных исследований, включающей в себя поддержку ведущих ученых, научных коллективов и научно-педагогических школ, способных обеспечить опережающий уровень образования и научных исследований. Создание и обеспечение функционирования производственной инновационной системы Университета, стимулирующей образование новых наукоемких, высокотехнологичных производств, удовлетворяющих современным требованиям и мировым стандартам, для изготовления наукоемкой продукции и развития малого и среднего инновационного предпринимательства. Создание системы координации деятельности субъектов научно-технической и инновационной деятельности и эффективного взаимодействия образования, науки и производства. Стимулирование межрегионального и международного научно-технического и инновационного сотрудничества. Обеспечение защиты объектов интеллектуальной собственности Университета.