Басқарманың негізгі міндеті Университет потенциалын ғылыми-техникалық және инновациялық тиімді арттыру және пайдалану,  оның ғылыми және ғылыми-өндірістік бөлімшелерін Шығыс Қазақстан өңірінің және бүкіл елдің ғылым, білім және өндіріс саласының өзекті мәселелерін шешуде қолдану үшін жағдай жасау.

Міндеттердің шешімі:

Білім және ғылыми зерттеулердің ілгері деңгейін қамтамассыз ете алатын жетекші ғалымдарның, ғылыми ұйымдардың және ғылыми-педагогикалық мектептердің қолдауларын өзіне біріктірген іргелі және қолданбалы зерттеулерді ынталандыру жүйесінің жұмыс істеу жағдайын жасау және қамтамассыз ету. Ғылымды қажетсінетін өнімдерді жасау және кіші және орта инновациялық кәсіпорындарын дамыту үшін қазіргі заманғы талаптарға және әлемдік стандарттарға сай келетін, жаңа ғылымды қажетсінетін, жоғары технологиялық өндірістің пайда болуын ынталандыратын Университеттің инновациялық өндірістік жүйесін  жұмыс істеу жағдайын жасау және қамтамассыз ету. Білім, ғылым және өндірістің өзара тиімді әрекеттесуінің және ғылыми-техникалық және инновациялық қызмет субъекттерінің қызметінің үйлестік жүйесін жасау. Халықаралық және аймақаралық ғылыми-техникалық және инновациялық ынтымақтастықты ынталандыру. Университеттің зияткерлік меншігін қорғауды қамтамасыз ету.