Қазіргі уақытта "Ионосфера институты" ЖШС Қазақстанның жетекші ғылыми-зерттеу мекемелерінің бірі болып табылады және күн-жер байланыстары, ғарыштық ауа райы, жерге жақын ғарыш кеңістігі мен жақын ғарыш физикасының радиациялық мониторингі, жер қыртысындағы геодинамикалық процестерді зерттеу, табиғи және техногендік сипаттағы ТЖ жер-ғарыштық мониторингі саласында іргелі және қолданбалы зерттеулер жүргізеді.
Институтта 2 негізгі бағыт дамуда - ғарыштан Жерді зерттеудің ғарыштық технологиялары және күн-жер физикасы. ЖДЗ бағыты аясында табиғи және техногендік сипаттағы ТЖ мониторингі мен болжамын автоматтандыру, жер бетінің деформациялары мен инфрақұрылым объектілерінің спутниктік мониторингі, Каспий теңізі бетіндегі мұнай ластануын анықтаудың автоматтандырылған мониторингі, пайдалы қазбалар кен орындарын болжау және геологиялық картаға түсіру үшін мульти- и гиперспектральды мағлұматтарды пайдалану, мореналық көлдердің жай-күйінің автоматтандырылған мониторингін құру, сондай-ақ Жетісу Алатауы мен Тянь-Шаньның батыс бөлігіндегі мұздықтардың өзгеру және түгендеу динамикасын және олардың өзен ағынына әсерін зерделеу жөніндегі бірқатар жобалар, ЖДЗ деректері бойынша метан эмиссияларының мониторингі, үлкен деректерді ағынмен өңдеу үшін бұлтты шешімдерді жаймалау.
Институт ұжымы 150-ден астам қызметкерді құрайды.
Құрал-жабдықтармен қамтамасыздандырылуы бойынша институт балансында тектоникалық белсенділікті геодинамикалық мониторингі үшін арналған 10-нан астам тұрақты дифференциалды GNSS базалық станциялары, әртүрлі пайдалы жүктемелері (лидар, тепловизор) бар 3 ҰҰА, су астылық дрон, метеостанциялар, георадар, далалық гиперспектрометр бар.