В настоящее время ТОО «Институт ионосферы» является одним из ведущих научно-исследовательских учреждений Казахстана, и проводит фундаментальные и прикладные исследования в области солнечно-земных связей, космической погоды, радиационного мониторинга околоземного космического пространства и физики ближнего космоса, исследования геодинамических процессов в земной коре, наземно-космический мониторинг ЧС природного и техногенного характера.
В институте развивается 2 основных направления - космические технологии исследования Земли из космоса и солнечно-земная физика. В рамках направления ДЗЗ реализуется ряд проектов по автоматизации мониторинга и прогнозирования ЧС природного и техногенного характера, спутниковый мониторинг деформаций земной поверхности и объектов инфраструктуры, автоматизированному мониторингу выявления нефтяных загрязнений на поверхности Каспийского моря, использованию мульти- и гиперспектральных данных для геологического картирования и прогнозирования месторождений полезных ископаемых, построению автоматизированного мониторинга состояния моренных озер, а также ряд проектов по изучению динамики изменения и инвентаризации ледников Жетысуского Алатау и западной части Тянь-Шаня и их влияния на сток рек, мониторинг эмиссий метана по данным ДЗЗ, развертка облачных решений для потоковой обработки больших данных.
Штатная численность Института составляет более 150 сотрудников.
По обеспеченности оборудованием на балансе института имеется более 10 перманентных дифференциальных базовых станций GNSS для проведения геодинамического мониторинга тектонической активности, 3 БПЛА с различной полезной нагрузкой (лидар, тепловизор), подводный дрон, метеостанции, георадар, полевой гиперспектрометр.